El clima del área de influencia al Complejo Hidroeléctrico Fortuna va de templado muy húmedo de altura en embalse de este complejo a tropical húmedo en la zona de descarga del agua turbinada.
El área de la Reserva Forestal Fortuna se encuentra en la zona de convergencia intertropical y está influenciada por los vientos alisios del Caribe, que cargados de humedad, depositan el agua en forma de lluvias, donde anualmente se puede llegar a 8,000 mm de precipitación pluvial en Bijao, para luego disminuir a 4,000 mm a medida que se aleja de la división continental de aguas hacia el régimen predominante en el Pacífico. En tanto, la temperatura media anual, fluctúa entre 20 a 16 °C; con variaciones diarias de 10 °C en la madrugada y de 27 °C en horas del mediodía.
En la Reserva Forestal Fortuna, los vientos son relativamente fuertes y en especial, cerca del sitio de presa; tienen influencia climática señalada como transporte de humedad y reductor de temperatura, un marcado efecto mecánico sobre la cubierta forestal del cerro Fortuna. Para el caso de los vientos del norte, estos son huracanados, iniciando a finales de noviembre y se extienden hasta marzo.
